Všechny 3 uvedené odborové organizace pracují autonomně a jsou zaměřeny na zájmy a potřeby svých členů. Ve svých programech se tedy poněkud liší. Ve vztahu k zaměstnavateli však vystupují jednotně, vždy po vzájemné dohodě. Tento postup je nutný hlavně při kolektivním vyjednávání, tedy při uzavírání kolektivní smlouvy, kterou pravidelně každý rok podepisují zástupci všech tří odborových organizací.
Kolektivní smlouva je velmi důležitý nástroj sociálního smíru a týká se všech zaměstnanců FN. Uzavírat ji mohou podle zákona ovšem pouze odborové organizace jako zástupci zaměstnanců.
Naše Základní odborová organizace ZO FN2 hájí oprávněné zájmy především svých členů. Jejich celkový počet je asi 150 a převážnou část tvoří pracovníci nižších příjmových kategorií, pracujících v obslužných provozech FN, technicko-hospodářští pracovníci a další nezdravotničtí pracovníci. Ve svých řadách však máme také lékaře a další zdravotnické pracovníky. Nezanedbatelnou část naší členské základny tvoří naši bývalí členové – důchodci. Ze struktury členské základny vychází proto i náš program činnosti. Ten by měl být hlavním vodítkem při volbě odborové organizace, do níž chce případně zaměstnanec Fakultní nemocnice dobrovolně vstoupit.