Po roce 1989 došlo i v odborovém hnutí k transformaci bývalých odborů v nové nezávislé odbory, které zcela změnily svoji strukturu i poslání a začaly fungovat jako odbory v ostatních vyspělých demokratických státech. U nás došlo k restrukturalizaci odborů po delimitaci KÚNZ a tak vznikla Základní odborová organizace FN2 s členskou základnou, tvořenou převážně technicko – hospodářskými a provozními pracovníky fakultní nemocnice, na rozdíl od ZO FN1, která zastupuje převážně zdravotnické pracovníky a ostatní zaměstnance FN, kteří nejsou odborově organizováni. Určitou dobu byli někteří lékaři odborově organizováni ve Svazu českých lékařů. Jejich organizace se brzy rozpadla a tak, přestože má statut odborového orgánu, ve FN v současné době nepracuje. Na její místo nastoupila nová odborová organizace zastupující výhradně lékaře – Místní klub Lékařského odborového klubu (LOK). V současné době je SČL sloučen s LOK. Vzhledem ke specifickým problémům a zájmům jednotlivých profesních skupin ve FN se toto rozdělení ukázalo jako účelné, fungující a životaschopné.